離子色譜系統一般比較貴重，但如果正常使用就可以有很長的使用壽命，因此對離子色譜的維護和清洗十分重要。一般而言，沒有統一維護和清洗步驟，不同類型不同商家的離子色譜在說明書均有十分詳細的說明，因此用戶在使用前一定要注意仔細閱讀。

　　一、二手離子色譜系統的維護原則

　　1.確保離子色譜柱不干燥；

　　2.確保離子色譜柱不長霉；

　　3.確保離子色譜柱不進入顆粒物；

　　4.確保離子色譜柱不進入不可逆吸附物，別是有機污染物；

　　5.確保離子色譜在一定的流速、壓力條件運行。

　　二、二手離子色譜系統常見的問題

　　1.柱壓升高，檢查流路沒有阻塞的前提下，更換色譜柱過濾網板，一般情況下更換保護柱進口端的網板；

　　2.分離度降低，可以是由于色譜柱的柱效降低或選擇改變所引起的，可以通過適合的清洗對離子色譜柱進行清洗，或者改變離子色譜的流動相來改善分離；

　　3.死體積增大，由于分離柱入口樹脂壓力使樹脂造成空隙或者樹脂壓碎而成，使離子色譜分離度下降、分叉等，這時可以填充相同類型的樹脂和惰球樹脂球以減少死體積。

　　而對于受污染的二手離子色譜系統，一般要進行清洗，清洗前一定要將色譜柱與抑制器斷開，保護柱和分離柱分開清洗，或者將保護柱接在分離柱之后進行清洗。

　　三、二手離子色譜系統的清洗原則

　　1.用高濃度的淋洗液清洗強保留的污染物；

　　2.用有機酸如草酸、酒石酸、檸檬酸等清洗金屬污染物；

　　3.用有機溶劑兼容的大濃度清洗有機污染物；

　　4.清洗之后，必須用二次去離子水平衡，再用淋洗液平衡。