離子色譜儀其有別于傳統離子交換色譜柱色譜的主要是樹脂具有很高的交聯度和較低的交換容量，進樣體積很小，用柱塞泵輸送淋洗液通常對淋出液進行在線自動連續電導檢測。分離的原理是基于離子交換樹脂上可離解的離子與流動相中具有相同電荷的溶質離子之間進行的可逆交換和分析物溶質對交換劑親和力的差別而被分離。適用于親水性陰、陽離子的分離。離子色譜儀工作流程基本大同小異。其流程主要為：
1、對淋洗液系統進行必要檢查，打開氬氣氣瓶開關，調節減壓閥指示為0.2-0.3Mpa;打開淋洗液系統氣源裝置，調節減壓閥，使指示表顯示為3-6PSi。
2、分別按順序打開主機-電腦-打印機等設備電源開關，對設備進行上電操作。
3、系統處理及控制系統上電接通后，進入操作界面，并進入系統操作面板，準備操作前的準備及管理工作。
4、打開泵。如色譜分析儀長時間不使用或更換淋洗液后，要先打開平衡泵頭上的PRIME閥排氣后再開泵，待泵壓力穩定后再打開抑制器電源。
5、在進入色譜柱之前通過進樣器將樣品導入,流動相將樣品帶入色譜柱,在色譜柱中各組分被分離,并依次隨流動相流檢測器。
6、檢測器檢測到的信號送數據系統，利用操作界面做完樣后，選擇檢測標準進入數據處理，對采集數據進行記錄、處理、打印或者保存等操作。
7、關機，系統關機需要根據檢測樣品不同選擇不同關機步驟。對于陰陽離子，需要先將抑制器電流關掉，然后再關泵，后關主機。
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