用薄層色譜掃描儀對薄層上被分離的物質進行直接定量的方法稱為薄層色譜掃描法。目前各國生產的薄層色譜儀規格不同，性能各異，但其基本測定原理是一樣的，即用一束長寬可以調節的一定波長、一定強度的光照射到薄層斑點上進行整個斑點的掃描，用儀器測量通過斑點或被斑點反射的光束強度的變化從而達到定量的目的。
    (1)薄層板制備除另有規定外,將1份固定相和3份水在研缽中向一方向研磨混合,去除表面的氣泡后，倒入涂布器中,在玻板上平穩地移動涂布器進行涂布(厚度為0.2～0.3mm)，取下涂好薄層的玻板，置水平臺上于室溫下晾干，后在110℃烘30分鐘，即置有干燥劑的干燥箱中備用。使用前檢查其均勻度(可通過透射光和反射光檢視)。
    (2)點樣除另有規定外，用點樣器點樣于薄層板上，一般為圓點，點樣基線距底邊2.0cm，樣點直徑及點間距離同紙色譜法,點間距離可視斑點擴散情況以不影響檢出為宜。點樣時必須注意勿損傷薄層表面。
    (3)展開展開缸如需預先用展開劑飽和，可在缸中加入足夠量的展開劑，并在壁上貼二條與缸一樣高、寬的濾紙條，一端浸入展開劑中，密封缸的蓋，使系統平衡或按正文規定操作。將點好樣品的薄層板放入展開缸的展開劑中,浸入展開劑的深度為距薄層板底邊0.5～1.0cm(切勿將樣點浸入展開劑中),密封缸蓋,待展開規定距離(一般為10～15cm),取出薄層板，晾干，按各品種項下的規定檢測。
    (4)如需用薄層掃描儀對色譜斑點作掃描檢出，或直接在薄層上對色譜斑點作掃描定量，則可用薄層掃描法。