薄層色譜掃描儀是對薄層色譜進行定量檢測分析的儀器，當前市場上有兩類薄層色譜掃描儀：
傳統掃描儀
是一種全波長掃描儀，提供波長200-800nm范圍的可選波長，通過檢測樣品對光的吸收強弱確定物質含量。該掃描儀也能檢測254nm或365nm紫外照射產生的熒光強度，從而進行異性檢測。
傳統掃描儀的掃描方式分為：單光束掃描、雙光束掃描和雙波長掃描。
單光束掃描：采用單一光束（即單一波長掃描），其結果就是上圖中一定波長條件下的單條曲線。儀器結構簡單，但是基線不穩，實際中很少使用。
雙光束掃描：采用同一波長的兩個光束同步掃描，一個光束掃描樣品展開通道，另一個光束掃描樣品通道旁邊的空白區域，這樣就可扣除空白吸收，部分消除薄層板展開方向鋪板不均勻產生的誤差。但是無法消除垂于展開方向鋪板不均勻產生的誤差。
雙波長掃描：兩個不同波長的光束交替掃描樣品展開的通道區域，波長選擇時，一個波長為樣品大吸收位置，另一是吸收小值位置。這種方法可基本消除鋪板不均產生的誤差，因此掃描基線很穩定。
以上各種掃描方式中，根據光源大小（掃描精度）不同可分為直線掃描和鋸齒掃描。
直線掃描：用可以覆蓋樣品展開通道的寬光束一次性掃完整個展開通道，即在展開方向上，每個點的數據只是一個掃描數據點。
薄層數碼成像分析儀
薄層數碼成像分析技術是利用數碼成像設備獲得薄層板上各點的光強度信息，之后對獲得圖像進行分析的薄層分析技術。數碼成像設備包括兩種：照相機和掃描儀（由于數碼掃描儀采用逐行成像技術，為便于區分傳統薄層掃描儀的逐點掃描，將數碼掃描儀稱為逐行掃描儀）。
和傳統薄層掃描一樣，照相機或逐行掃描儀都具有光檢測系統，它們都是將光量線性轉化為電信號的元件。不同的是，照相機和逐行掃描儀可進一步將電信號轉換成電腦圖像，圖像中單個點（像素）的顏色深淺反映了光的強弱。
因此，薄層數碼成像更接近人眼觀察檢測，結果更直觀，因此非常適合鑒別，別是中藥指紋圖譜的識別。
數碼成像儀不僅能完成普通白光照射下的成像分析，再裝配254nm或365nm紫外燈后，也可以檢測異熒光，異熒光檢測。
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